Science reproductible, rendre la science transparente
Partager ses données et sa méthodologie ne va pas de soi, la science reproductible se développe toutefois de plus en plus, encouragée par les organismes de financement. Parmi ses adeptes, Christophe Pouzat, chercheur à l’Institut de recherche mathématique avancée (Irma – CNRS/Unistra) depuis trois ans, propose notamment un Mooc sur le sujet.
Exit pré carré, bonjour données partagées, lorsque l’on fait tourner un modèle, il est compliqué d’arriver au même résultat que celui décrit par ses auteurs. Pour rendre des travaux reproductibles, il faut ainsi donner le code utilisé et les données sur lesquelles nous avons travaillé
, rapporte Christophe Pouzat qui a fait ses études en physique et en biologie avant d’être recruté en 2001 par le CNRS à Paris-Descartes. Il mène ses recherches depuis sur des problèmes où neurophysiologie et statistiques se combinent.
Le chercheur expérimente cette façon de travailler pour la première fois en 2003. Avec un étudiant, nous avons découvert le logiciel R, un logiciel open source dont une des fonctions permet de mélanger texte et code dans un même document. Celui-ci contient alors le code des figures à la place des figures elles-mêmes.
Pris pour un fou
A l’époque son enthousiasme pour la méthode n’est pas partagé. Il y a 15 ans, on était pris pour un fou lorsqu’on voulait partager ses techniques. Cela demande également plus de travail, et on ne peut pas cacher les "soucis" que l’on a eu pour arriver au résultat, ce qui fait que souvent nous devons publier dans des revues à moindre impact.
Autre frein, technique cette fois, les outils alors disponible étaient complexes et peu développés.
L’open access est entré dans les mœurs et les agences de financement encouragent ces pratiques
Des outils plus simples d’utilisation permettant d’écrire du texte avec l’ajout de code se généralisent après 2010. L’open access est entré dans les mœurs et les agences de financement encouragent ces pratiques. Tous les obstacles existants au début des années 2000 sont ainsi tombés de manière simultanée et plusieurs projets ont émergé pour fournir l’infrastructure matérielle nécessaire au partage des données de manière efficace.
Un Mooc sur la science reproductible
Pour accompagner les étudiants et les chercheurs dans la pratique, Christophe Pouzat crée en 2018 un Mooc avec deux collègues, Konrad Hinsen et Arnaud Legrand intitulé « Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente. » Un second Mooc prévu pour mai est en préparation. Il permettra d’approfondir le sujet en évoquant notamment le problème des bibliothèques informatiques dont dépendent les logiciels qui en cas de changement peuvent rendre le code inutilisable.
Le chercheur donne également des formations à la demande sur le sujet à l’Université de Strasbourg.
Nous sommes encore à un stade où l’on a peu de recul, avec plein d’outils qui apportent des réponses partielles
, conclut Christophe Pouzat qui précise que les plus jeunes adhèrent de plus en plus à ces pratiques. Une adhésion qui dépend aussi des disciplines et des brevets.
Les journées du réseau français de recherche reproductible 2024
Les journées du réseau français de recherche reproductible auront lieu du 26 au 28 mars 2024, à Grenoble. Le réseau français de la recherche reproductible est un réseau national composé d’universitaires intéressés par l’étude des facteurs qui contribuent à la robustesse de la recherche, la promotion des activités de formation et la diffusion des bonnes pratiques ainsi que des recommandations. Les questions de reproductibilité touchent toutes les disciplines.
Dossier | Science ouverte : une dimension incontournable
Le mouvement de la science ouverte qui vise à diffuser librement la recherche scientifique afin de la rendre accessible à tous est l’un des grands enjeux du 21e siècle pour l’enseignement supérieur et la recherche. Au travers de différents initiatives, l'Université de Strasbourg cherche à favoriser le partage et la réutilisation des savoirs, afin de favoriser le débat public et de promouvoir un choix démocratique dans le domaine de la science. En ouvrant la démarche scientifique à toutes les étapes des projets de recherche, elle soutient les actions engagées et citoyennes de l’ensemble de sa communauté.
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