Savoir(s)

Exit pré carré, bonjour données partagées, lorsque l’on fait tourner un modèle, il est compliqué d’arriver au même résultat que celui décrit par ses auteurs. Pour rendre des travaux reproductibles, il faut ainsi donner le code utilisé et les données sur lesquelles nous avons travaillé, rapporte Christophe Pouzat qui a fait ses études en physique et en biologie avant d’être recruté en 2001 par le CNRS à Paris-Descartes. Il mène ses recherches depuis sur des problèmes où neurophysiologie et statistiques se combinent.

Le chercheur expérimente cette façon de travailler pour la première fois en 2003. Avec un étudiant, nous avons découvert le logiciel R, un logiciel open source dont une des fonctions permet de mélanger texte et code dans un même document. Celui-ci contient alors le code des figures à la place des figures elles-mêmes.

Pris pour un fou

A l’époque son enthousiasme pour la méthode n’est pas partagé. Il y a 15 ans, on était pris pour un fou lorsqu’on voulait partager ses techniques. Cela demande également plus de travail, et on ne peut pas cacher les "soucis" que l’on a eu pour arriver au résultat, ce qui fait que souvent nous devons publier dans des revues à moindre impact. Autre frein, technique cette fois, les outils alors disponible étaient complexes et peu développés.

L’open access est entré dans les mœurs et les agences de financement encouragent ces pratiques

Des outils plus simples d’utilisation permettant d’écrire du texte avec l’ajout de code se généralisent après 2010. L’open access est entré dans les mœurs et les agences de financement encouragent ces pratiques. Tous les obstacles existants au début des années 2000 sont ainsi tombés de manière simultanée et plusieurs projets ont émergé pour fournir l’infrastructure matérielle nécessaire au partage des données de manière efficace.

Un Mooc sur la science reproductible

Pour accompagner les étudiants et les chercheurs dans la pratique, Christophe Pouzat crée en 2018 un Mooc avec deux collègues, Konrad Hinsen et Arnaud Legrand intitulé « Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente. » Un second Mooc prévu pour mai est en préparation. Il permettra d’approfondir le sujet en évoquant notamment le problème des bibliothèques informatiques dont dépendent les logiciels qui en cas de changement peuvent rendre le code inutilisable. Le chercheur donne également des formations à la demande sur le sujet à l’Université de Strasbourg.

Nous sommes encore à un stade où l’on a peu de recul, avec plein d’outils qui apportent des réponses partielles, conclut Christophe Pouzat qui précise que les plus jeunes adhèrent de plus en plus à ces pratiques. Une adhésion qui dépend aussi des disciplines et des brevets.