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C’était un challenge difficile, considéré comme quasiment infaisable par l’état de l’art, dont le but est de promouvoir l’innovation de rupture. Mais parfois, il faut se méfier des dogmes et des forteresses imprenables qui ne le sont pas tant que ça…, sourit Didier Rognan, directeur du LIT.

Le challenge lancé le 12 janvier 2021 ? Trouver des molécules capables d’inhiber LRRK2, une protéine que les scientifiques pensent responsable d'une forme héréditaire de la maladie de Parkinson. Il s’agit d’un des deux appels à projet annuel du Structural Genomics Consortium, rapporte le chercheur qui décide d’y répondre avec deux doctorants, Merveille Eguida et François Sindt. Le tout, sponsorisé par la Fondation Michael J. Fox, l’acteur étant lui-même atteint de la maladie.

Six molécules prometteuses

Première phase : décrire la manière avec laquelle on va trouver ces molécules. A l’issue de quoi, 23 laboratoires publics et privés sont sélectionnés parmi lesquels l’équipe de Didier Rognan. Ils ont ensuite deux mois pour soumettre une liste de molécules inédites d’intérêt réalisées à l’aide de méthodes de modélisation moléculaire et d'intelligence artificielle.

Chaque participant peut proposer jusqu'à 150 molécules ayant une aptitude à se lier à la protéine LRKK2. Ces dernières sont ensuite synthétisées puis testées par un prestataire mandaté par le consortium durant une phase expérimentale d’environ un an, souligne Didier Rognan.

Place ensuite à la phase deux. Une dizaine de candidats ayant proposé des molécules actives y sont admis pour les optimiser. Sur les 100 molécules que nous avions proposées, nous en avions six prometteuses sur lesquelles nous avons retravaillé. Elles sont ensuite à nouveau synthétisées et testées par le prestataire.

Une preuve de concept

Après 2 ans de validations expérimentales, un jury de cinq experts de l'industrie pharmaceutique attribue un score à chaque participant en fonction de la qualité des molécules conçues (nouveauté chimique, puissance de l'effet, sélectivité). Cette année, six vainqueurs sont désignés parmi lesquels Didier Rognan et son équipe au côté de trois laboratoires publics américains, un autre laboratoire public européen et le laboratoire pharmaceutique Merck.

Le challenge nous offre une validation expérimentale de notre algorithme sans frais pour le laboratoire

La participation au challenge permet au directeur du LIT d’améliorer la visibilité de son unité. Mais aussi de tester l’algorithme d'intelligence artificielle créé par sa doctorante, Merveille Eguida. Au niveau académique, le challenge nous offre une validation expérimentale de notre algorithme sans frais pour le laboratoire. Grâce à cette victoire, nous avons une preuve de concept ayant permis à mes étudiants de se confronter à un cas réel de drug design auquel ils devront faire face dans leur future vie professionnelle. Les molécules découvertes sont rendues publiques. On s’engage lorsque l’on participe à divulguer comment nous les avons trouvées et à donner toutes les informations à leur sujet.